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会。
若与卵子结合成受精卵的精子是畸形的，那么这样的胚胎质量就不好，在孕期容易出现流产、胎停的情况。
但若是男性精子畸形率高，则跟流产没什么直接关系，因为畸形精子在受孕过程中大多都被淘汰掉了，根本形成不了受精卵。
畸形精子会和卵子结合吗(图片来源网络)
1、免疫因素
有至少一半的流产与孕妈免疫失调有关，对胚胎发生免疫排斥最终导致流产。
在生殖免疫检查方法还没有以前，检查结果几乎是“未发现异常”，所以得不到相应的治疗。在免疫异常习惯性流产的女性身上，检测不出这种抗体，缺乏这类抗体，孕妈对胚胎不能进行保护而遭排斥，所以才导致流产。
2、胚胎异常因素
胚胎的染色体数目异常，或结构出现异常，就会导致胚胎发育异常，这是习惯性流产最常见的原因。环境、辐射、药物、自然变异，都可导致胚胎遗传异常而引起流产。
3、环境及不良生活习惯
熬夜、喝酒、吸烟，接触有毒物质、噪音、震动、高温环境等都可导致胎宝宝受损。
4、多次人流手术
流产后过早开始性生活，且无避孕措施，意外妊娠而被迫选择再次流产，造成子宫内膜损伤发生习惯性流产。
5、男方精液异常
男方精液量、精子浓度、a/b级精子百分率、畸形精子百分率等均与习惯性流产的产生密切相关。
6、黄体功能不全
孕前黄体功能不全症状会表现为月经周期缩短、经前点滴出血，经量正常或稍多。这些症状常见，在导致习惯性流产前通常不被警觉，有时还要基础体温测定和血浆激素水平测定或者诊刮术来进行诊断。
7、感染引起习惯性流产
感染因素中最关注的是TORRCH综合症，孕期感染风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒或弓形虫等病原体，这些微生物可通过胎盘感染胚胎，造成配体发育畸形、流产或死胎。另一种常见的支原体感染，也增加了自然流产的危险性。
8、子宫、宫颈病变
先天性子宫发育异常、宫腔黏连、宫腔息肉、子宫肌瘤、子宫腺肌症等。宫颈病变引起习惯性流产很常见，主要原因是宫颈机能不全、宫颈管短。
9、内科病
肾病、心脏疾病，甲状腺机能不足、甲亢等内分泌紊乱也会造成流产。
1、适龄怀孕，妇女最佳生育年龄为25-29岁，年龄过小会因身体发育不成熟容易流产，年龄过大会由于生殖功能减退、染色体易发生突变而容易造成自然流产。
2、自然流产发生后应间隔半年以上，待子宫完全复原、全身的气血恢复后再怀孕。
3、做好孕前体检，尤其是以往有流产史的女性更应做全面检查，若发现有某方面的疾病，应先进行治疗，等到疾病治愈后再怀孕。
4、怀孕后避免接触有毒物质;避免剧烈运动;避免粗暴的性生活;不抽烟、不喝酒;少吃或不吃刺激性食物;避免不良情绪刺激，保持良好的心态;怀孕前后应避免接触宠物;避免不洁性生活。同时，家属应给予孕妇充分的理解和关爱。